部分城市存在对城市黑臭水体治理应急处置理解不到位，认为应急工程就是迎检工程，河道还是黑臭，这就是紧急情况，就得上应急工程，试图蒙混过关。其次，有些城市存在一定急功近利的侥幸心理，在未进行控源截污等长效措施的情况下，试图仅仅依赖投加药剂或生物制剂、调水稀释等方式追求短期的治理效应，治标不治本，存在“不管是黑是白，能快速消除黑臭就是好技术”思想，与实现水体长制久清的美好愿景相悖。再次，城市黑臭水体作为百姓反映强烈的水环境问题，激活了巨大的市场空间，在整治城市黑臭水体的热潮中，治理技术五花八门，技术路线各显神通，一定程度导致“病急乱投医”。不可否认的是“撒药治污”、调水稀释等应急处理方法确实在短时间内成效显著，但黑臭反弹风险极高且易造成二次污染，误将此类应急处理方法当作解决黑臭问题的常态化措施无异于“饮鸩止渴”。如，在投加化学药剂的时候很可能会对浮游动植物、大型水生生物、底栖动物造成影响；向水体投加微生物，有可能会造成生态安全风险。

在使用有毒原料以及产生有毒的中间产物和产品的生产过程中，采用合理的工艺流程和设备，并实行严格的操作和监督，消除漏逸，尽量减少流失量。含有剧毒物质废水，如含有一些重金属、放射性物质、高浓度酚、氰等废水应与其他废水分流，东莞废水治理以便于处理和回收有用物质。一些可以生物降解的有毒废水如含酚、氰废水，经厂内处理后，可按容许排放标准排入城市下水道，由污水处理厂进一步进行生物氧化降解处理。含有难以生物降解的有毒污染物废水，不应排入城市下水道和输往污水处理厂，而应进行单独处理。 根本的是改革生产工艺，尽可能在生产过程中杜绝有毒有害废水的产生。如以无毒用料或产品取代有毒用料或产品。一些流量大而污染轻的废水如冷却废水，不宜排入下水道，以免增加城市下水道和污水处理厂的负荷。这类废水应在厂内经适当处理后循环使用。东莞废水治理成分和性质类似于城市污水的有机废水，如造纸废水、制糖废水、食品加工废水等，可以排入城市污水系统。应建造大型污水处理厂，包括因地制宜修建的生物氧化塘、污水库、土地处理系统等简易可行的处理设施。与小型污水处理厂相比，大型污水处理厂既能显著降低基本建设和运行费用，又因水量和水质稳定，易于保持良好的运行状况和处理效果。